Les frères Elric se trouvent dans deux mondes différents, séparés par « la porte » : Edward se trouve dans un monde où la technologie remplace l'alchimie (un monde censé être le nôtre, et présentant le putch raté d'Hitler en 1923 ), alors qu'Alphonse se trouve toujours dans le monde où ils sont nés, régi par l'alchimie.
Ayant pu, grâce aux recherches effectuées par un groupe occulte proche du Fuhrer appelé société de Thulé, entrer en contact, les deux frères vont tout faire pour se retrouver. Malheureusement, les pouvoirs de l'alchimie fascinent, et Edward n'est pas le seul à vouloir traverser « la porte »…