L'inspecteur Zenigata est retiré de l'affaire Lupin et est chargé de démanteler une organisation criminelle, Shotshell. Lupin et sa bande se joignent à lui, et volent un sous-marin nucléaire afin de d'attirer la Shotshell intéressée par ce sous-marin, et enlève une physicienne nommée Karen Korinsky, qui semble connaitre Jigen.