Accusé d’avoir tenté d'assassiner le chef du village de Kumo, le Raikage, et tué des j?nin de Kiri et d'Iwa, Naruto est emprisonné à Hozukijo, une prison pour les criminels connue également sous le nom de « Prison sanglante ». Le surveillant de la prison, Mui, utilise l'emprisonnement suprême, une technique qui permet de voler le pouvoir et les capacités du prisonnier. Dans la « Prison sanglante », quelque chose tente de s’en prendre à Naruto. Aidé par ses amis, Naruto doit à la fois prouver son innocence et découvrir la vérité.