Bob l'éponge est heureux. Au fond de la mer, dans le cadre charmant de Bikini Bottom, il coule des jours heureux loin de la civilisation des hommes et passe son temps à rire et à blaguer avec son copain Patrick, l'étoile de mer. Mais un jour, la couronne de Neptune est volée. Tous les soupçons se portent sur monsieur Krabs, le patron de Bob. Or celui-ci est convaincu de son innocence. Toujours en compagnie de Patrick, il se rend à Shell City afin de trouver les preuves qui vont permettre de disculper Krabs. Mais la route est semée d'embûches. Les deux amis devront affronter le terrible Plancton et son redoutable tueur à gages...