En 2046, la technologie a fait naître le Neuro-Linker (dernière évolution du Nerve-Gear apparaissant dans Sword Art Online, light novel écrit par le même auteur), un système qui permet à l'utilisateur de manipuler ses cinq sens pour accéder à une réalité augmentée et rechercher des informations sur Internet, mais qui permet aussi d'entrer dans un univers virtuel sous la forme d'un avatar choisi. Le jeune Haruyuki Arita, petit, gros, timide, est le souffre-douleur d'une bande de loubards de son collège