L’histoire prend place juste avant l’achèvement de l'ascenseur spatial dans la Cité Académique, Endymion. Le jeune Kamijou Touma et Index rencontrent une jeune chanteuse Level 0, Arisa. Mais les Magiciens en ont après la jeune fille. Pour les repousser, la leader d’un commando d’élite de la Cité, Shattoaura mène une unité de combat à l’encontre des assaillants De leur côté, Kamijou et Index apprennent que Arisa est la clé de cette guerre qui fait rage entre les partisans de la Magie et ceux de la Science.