Après avoir gagné les cinq dernières places à la loterie, Scooby-Doo, Sam y, Fred, Daphné et Véra décollent pour explorer la galaxie à bord du Sly Star One, le vaisseau flambant neuf de Sly le baron milliardaire. Tout va pour le mieux dans cet espace sans gravité jusqu’au moment où des puissances extra-terrestres mystérieuses s’attaquent à la navette spatiale. L’équipage en péril est contraint de se poser sur la base du Baron Sly… sur la face cachée de la Lune ! La bande percera-t-elle le mystère des aliens ? Scooby-Doo et Sammy trouveront-ils des en-cas sur la Lune ? Fred enlèvera-t-il enfin son casque spatial ? Suivez Scooby-Doo dans le périple qui le conduit aux confins de l’univers pour résoudre un étrange mystère !