Après avoir mis un terrible désordre sur le tournage d’un film, le chien au grand cœur et son entraîneur sont renvoyés.
Sur le chemin qui les ramène à la maison, Eddie (Jonathan Silverman) et Beethoven échouent dans un petit village côtier. C’est alors que Beethoven va se lier d’amitié avec un jeune garçon de la côte (Bretton Manley) et va l’aider dans sa quête de trésor perdu. La ville entière va être mêlée à cette aventure hors du commun et ensemble ils vont tenter de trouver le trésor des Pirates.