L’histoire se passe en 1878 à Tokyo. Kenshin Himura, ancien assassin surnommé Battosaï durant l’époque du Bakumatsu (fin du shogunat), cache un lourd passé… Devenu vagabond depuis l’instauration de l’ère Meiji, il parcourt le pays muni de son sabre à lame inversée, avec le désir de ne plus tuer. Il rencontre une jeune fille qui cherche à protéger son dojo, Kaoru Kamiya, et finit par s’installer chez elle après l’avoir aidée. Cependant, le passé de Kenshin continue à le poursuivre …