Dans un futur indéterminé, ville de Mardock City, Rune Balot, une jeune prostituée se retrouve sous la tutelle de Shell Septinos, un personnage important qui se révèle être un véritable psychopathe. Celui-ci va tenter de l'assassiner. Sauvée et pratiquement ressuscitée par de nouvelles technologies, et dotée au passage d'un corps amélioré cybernétiquement, elle se retrouve ainsi au sein d'une organisation, constituée seulement d'une étrange créature nommée OeufCoque et du docteur Easter. L'existence même de cette organisation (et en même temps la vie de ses membres) ne tient qu'à un fil si des résultats ne sont pas apportés. Rune Balot, qui n'attend plus aucune confiance ni attente de la vie, va t-elle accepter de les aider à prouver la culpabilité de Shell Septinos ?
-Animeka-