1999, aux Philippines, deux scientifiques découvrent un nid de créatures mystérieuses. Quelques jours plus tard, un accident nucléaire causé par un tremblement de terre se produit au Japon. Quinze ans plus tard, l'ingénieur de l'usine détruite lors de la tragédie, Joe Brody, insiste pour visiter les lieux, croyant qu'un incident similaire est imminent. Son fils Ford, un soldat qui a laissé sa femme et son fils à San Francisco, l'accompagne. Ils découvrent un laboratoire contrôlé par l'armée où une créature monstrueuse est gardée en captivité. Lorsqu'elle s'échappe, l'armée se lance à ses trousses dans le Pacifique, où un monstre marin connu sous le nom de Godzilla émerge afin de l'affronter.