Après le passage dévastateur d'un pirate dans son auberge, le jeune Jim récupère la carte menant au fameux trésor du capitaine Flint. Sur une embarcation de fortune, il part à l'aventure avec son amie la souris. Capturés sur un bateau pirate par le capitaine Silver et ses hommes, ils sont employés aux corvées du bord avant d'être vendus comme esclaves à l'arrivée dans « l'île aux pirates ». En prison, Jim fait la connaissance de Cathy, la petite-fille du capitaine Flint. A eux deux, ils vont partir à la chasse au trésor et tenter de « doubler » les pirates'