Munich, 1923. Cela fait deux ans que Edward Elric a été projeté dans le monde réel, laissant derrière lui son frère Alphonse. Dépouillé de ses pouvoirs d'alchimiste, il s'est mis à étudier la fuséologie afin de pouvoir rentrer chez lui. De son coté, Alphonse décide aussi de retrouver son frère. Leurs efforts vont les plonger au coeur d'une série d'événements qui pourraient semer le chaos dans leurs deux mondes...