En 1944, en Espagne, alors que la répression franquiste bat son plein. Carmen, une jeune veuve, s'est récemment remariée avec Vidal, un capitaine de l'armée franquiste froid et autoritaire. Elle s'installe avec sa fille Ofélia chez son nouvel époux. Mais l'enfant se fait difficilement à sa nouvelle vie. Tandis que sa mère, affaiblie par sa deuxième grossesse, garde le lit, la petite explore les environs. Dès la première nuit, une fée lui apparaît et la guide jusqu'à un labyrinthe, derrière la maison. Elle y rencontre un faune, Pan, le gardien des lieux, une étrange créature magique et démoniaque, qui va lui révéler qu'elle n'est peut être que la princesse disparue d'un royaume enchanté.Afin de découvrir la vérité, Ofélia devra accomplir trois dangereuses épreuves, que rien ne l'a préparé à affronter...