Japon, 1600 : les deux plus grands seigneurs de la guerre, Hideyoshi et Tokugawa, sont sur le point de se livrer une ultime bataille pour le contrôle du pays. Seul le seigneur Sanada n'a pas encore choisi son camp : il a chargé Sarutobi, ninja surnommé "le singe volant", et neuf autres espions de son clan, d'observer la situation avant de se décider. Sarutobi va être mêlé, malgré lui, à l'impitoyable guerre des espions que se livrent les deux rivaux historiques.